Kres istnieniu pałacu Krasińskich i Czartoryskich w Krasnem przyniosła II wojna światowa. Dnia 8 października 1939 roku kanclerz Niemiec Adolf Hitler wydał dekret tworzący z dniem 1 listopada nowy podział administracyjny na zdobytych na Polsce terenach włączonych do III Rzeszy. Północne Mazowsze znalazło się w prowincji Prusy Wschodnie, kierowanej od 1933 roku przez nadprezydenta Ericha Kocha. Powołano tzw. rejencję ciechanowską ze stolicą w Ciechanowie, zwanym odtąd po niemiecku Zichenau. Wkrótce potem, 26 października, cywilne władze rejencji z nowo mianowanym na stanowisko prezydentem (odpowiednik wojewody) przejęły władzę od okupacyjnego wojska. Pierwszym prezydentem (do grudnia 1939 r.) był Herman Bothke, drugim - do 1945 r. - Paul Dargel.

Erich Koch zainteresował się jednym z większych i nowocześniejszych majątków na Mazowszu - dobrami w Krasnem. W oparciu o informacje dawnych pracowników majątku można przyjąć, że dobra te przejęli Niemcy już w 1939 roku, aczkolwiek prawną podstawę grabieży przyniosły dopiero rozporządzenia Hermanna Wilhelma Göringa. Majątek wszedł w skład budowanej przez Ericha Kocha od 1933 roku gigantycznej fundacji - tzw. Erich Koch - Stiftung, która na terenie rejencji ciechanowskiej w 1943 roku liczyła m.in. 18.829 ha i 5 cukrowni (Borowiczki, Ciechanów, Izabelin, Krasiniec i Nowa Wieś).

Charakter gospodarki niemieckiej w Krasnem i początki willi tak opisał sam Erich Koch: "Kazałem zarządzać przedsiębiorstwem tak, tak jak to się dzieje w rosyjskich sowchozach, aby sobie samemu stworzyć pojęcie o tych nowych formach gospodarki. Autor przekonał się dokładnie - zarówno tu, jak i później na Ukrainie - że taka forma gospodarowania może w wybitnym stopniu zwiększyć dochodowość. Wszystkie zaś wygospodarowane sumy były lokowane w gospodarstwo. W Krasnem zbudowano dla Hitlera, na jego rozkaz i koszt, główną kwaterę. Wszyscy autorowi zazdrościli i atakowali go. Przez tę budowę mogłem sobie zapewnić duże zainteresowanie Hitlera dla mojej pracy". Tyle tylko wiadomo o genezie obiektu (o ile autor relacji napisał prawdę). Z pewnością jednakże teoretycznie zaliczenie obiektu do jednej z wielu oficjalnych rezydencji Führera, nie wykluczało użytkowania jej jako faktycznej głównej mazowieckiej rezydencji nadprezydenta.

Dotychczasowa wiedza o dziejach i wyglądzie obiektu sprowadza się do niewielkich, pisanych z emocją wzmianek, dalekich od naukowego krytycyzmu i choćby elementarnej wiedzy odnośnie specyfiki budownictwa mieszkalnego na terenach włączonych do III Rzeszy. Przykładowo: Erich Koch "dawny pałacyk kazał zburzyć, a na jego miejscu zbudować potężny, żelbetowy ponury blok", Erich Koch "kazał zburzyć zabytkowy pałac Krasińskich i wznieść betonowy gmach", "z polecenia Kocha zburzono zabytkowy pałac Krasińskich, a na jego miejscu wzniesiono betonowy gmach", Erich Koch "założył tu własną rezydencję, która wyglądała jak bunkier", "zrównano z ziemią dawną siedzibę Czartoryskich. Na jej miejscu stanął gmach wzorowany na kancelarii III Rzeszy" itp. itd.

W oparciu o prospekcję ruin, fotografię i relacje informatorów należy przyjąć, że willę w Krasnem wzniesiono z wykorzystaniem piwnic i większej części skrzydła głównego dawnego pałacu Krasińskich i Czartoryskich, zlikwidowano natomiast boczne aneksy. Pozostawiono także pobliską oficynę, połączoną z pałacem podziemnym tunelem. Kierownikiem robót budowlanych, prowadzonych przez niemieckie firmy budowlane, był niejaki Brachmann, który prowadził także prace przy wznoszeniu zbliżonej formalnie innej willi Kocha - w Równem na Ukrainie. Podobno koszt wzniesienia rezydencji wynosił 20 mln. marek, co było wówczas fortuną.
Powierzchnia zabudowy willi wynosiła ok. 700 m2. Z obiektu do dzisiaj zachowały się znaczne fragmenty wyniesionych kilkadziesiąt centymetrów ponad poziom gruntu, rozmieszczonych nieregularnie ścian piwnic oraz sklepiona kolebkowo prostokątna komnata. Ściany są różnej grubości, ok. 30, 55, 75, 90 i 100 cm, wykonane z cegły pełnej z różnych wytwórni i z różnego czasu. Jako spoiny użyto zaprawy cementowo-wapiennej i wapiennej. Nowsze fragmenty ścian oparte są na szerszych o ok. 30-40 cm od ścian piwnic i wystających ok. 40 cm ponad poziom użytkowy, Wykończenie ścian stanowiły - zachowane fragmentarycznie tynki cementowo-wapienne i wapienne.

Przynajmniej część przebudowanego budynku wykonano w konstrukcji szkieletowej, ze stropami między piwnicą i parterem, parterem i piętrem oraz nad piętrem. Na podstawie oględzin zachowanego fragmentarycznie, popękanego i poprzewieszanego (na skutek zburzenia części podpór), stropu pomiędzy piwnicą i parterem można stwierdzić, że użyto pustaków Akermana o grubości ok. 20 cm z dodatkową poziomą przeponą i zastosowaniem stali zbrojeniowej o 18. Na stropie spoczęła ocieplająca warstwa pumeksu, na niej - żel betowa płyta zbrojna stalą zbrojeniową o 10, a na samej górze - wylewka asfaltowa. Łączna grubość stropu wynosiła ok. 45 cm.
Budynek wzniesiono na rzucie prostokąta z równej wysokości, szerokim, mocno wysuniętym ryzalitem na osi elewacji ogrodowej. Był dwukondygnacyjny, z użytkowym poddaszem oświetlonym niewielkimi oknami, w połaci dachowej mansardowymi. Elewacja od podjazdu i szczytowe boczne są nieznane, od strony dziedzińca była dziewięcioosiowa w partii parteru, a dziesięcioosiowa w partii piętra. Willa miała dachy dwuspadowe, o ostro nachylonych połaciach, z lekko zaznaczonymi niewielkimi kominami, wylotami przewodów wentylacyjnych lub kominowych.

Nie są znane jakiekolwiek materiały ikonograficzne dokumentujące wnętrze willi, aczkolwiek w wielu tekstach określa się ją mianem "luksusowej" bądź "urządzonej z przepychem". Wiadomo jednak, że zagrabiono dawne wyposażenie pałacowe, a marmur na posadzki miał pochodzić z jakichś warszawskich szpitali. Według przytoczonej w jednej z publikacji relacji naocznego świadka, jednego z robotników wykonujących malarskie prace wykończeniowe przy budynku, znajdowały się w nim 3 duże sale: jadalna, balowa i myśliwska, w piwnicach - kręgielnia i sala kinowa, a na piętrach komfortowe pokoje gościnne.

Swobodną transpozycją socjalno-socjalistycznego budynku "typu Rzeszy" jest właśnie willa zrealizowana w Krasnem dla A. Hitlera (względnie E. Kocha) - zarówno jeśli chodzi o bryłę, jak i elewacje - wg projektu nieznanego dotąd architekta. Proporcje budynku, gładkie tynkowanie elewacji zewnętrznych, zróżnicowanie wielkości otworów okiennych w poszczególnych kondygnacjach, a nawet wysoko wyniesiony dach ze stronami połaciami (umożliwiający racjonalne wykorzystanie poddasza) pozwalają włączyć go właśnie w nurt Sozialer Wohnungsbau. Elementy "krajobrazu" to pewnie zamykane okiennice. Nawiązywanie do typowych rozwiązań "plebejskich" było zresztą dość typowe dla wielu obiektów willowych zrealizowanych w miejscowościach rejencji.

Dnia 17 stycznia 1945 roku Niemcy, wycofujący się pod naporem 2 Frontu Białoruskiego, wysadzili willę w Krasnem w powietrze. Zniszczenia wewnątrz nie były jednakże zbyt wielkie podobnie jak spowodowane rzucanymi przez Rosjan granatami. Gdy przetoczył się front, powychodzili ukrywający się w folwarcznych piwnicach Polacy i spenetrowali wnętrze rezydencji. Były wówczas jeszcze zachowane marmurowe posadzki i bogato zdobione kominki, a z wyposażenia - sporo mebli i obrazów.
Rozbiórki rudery dokonywała miejscowa ludność w poszukiwaniu deficytowych materiałów budowlanych: cegieł, kafelków, miedzianych przewodów elektrycznych, stalowych rur. Kres nadziemnej części ruiny przyniosły inwestycje budowlane czynione w PGR na przełomie lat 60-70. W 1973 roku myślano jeszcze nieśmiało o odbudowie pałacu, ale dzisiaj jest to już tylko posępne gruzowisko.